El Departamento posee dos áreas importantes, el área de farmacología y la de fisiología.

El área de farmacología tiene a su cargo los cursos de Farmacología I, II y III y Epidemiologia y Salud Publica.

El curso de farmacología I, impartido en el octavo semestre de la carrera, contempla dentro de su contenido como parte inicial, las generalidades de la farmacología comenzando con la farmacocinética y farmacodinamia de los medicamentos. Se aborda el desarrollo de nuevos fármacos y la importancia de la farmacovigilancia, posteriormente se estudia la farmacología de la quimioterapia utilizada contra bacterias, micobacterias, protozoos y helmintos, estudiando las características principales de estos fármacos y el abordaje de casos clínicos relacionados. Para finalizar el curso, se desarrolla el estudio del cáncer, diferenciando el pronóstico, tratamiento y tipos de cáncer entre la edad pediátrica y la adultez.

El laboratorio de Farmacología I se imparte en el segundo semestre de cada año, acá el estudiante de octavo semestre es introducido a la Farmacología Experimental, en la cual se le prepara para el análisis de la farmacodinamia y farmacocinética, entrando luego a revisar el trabajo dentro de un bioterio, las vías de administración en animales de experimentación, introduciendo a los estudiantes a la farmacología experimental, con la evaluación de la evaluación de la toxicidad. Es en este laboratorio es donde se le plantean al estudiante, los dilemas y normas éticas que todo investigador debe de poseer antes de iniciar a experimentar.

En el curso de farmacología II ubicado en el noveno semestre del pensum de estudios, se desarrolla la farmacología de los fármacos que intervienen en el funcionamiento del Sistema Nervioso Autónomo y Sistema Nervioso Central. Agonistas y antagonistas que actúan en receptores que están involucrados en diversas funciones del cuerpo como la actividad cardiaca y presión arterial, función ocular, aparato digestivo y respiratorio, control de convulsiones, migraña, Parkinson, Alzheimer, depresión, etc. También se revisa el control del dolor y la inflamación, anestesia y finaliza con la aplicación de los fármacos utilizados en afecciones dermatológicas.

El laboratorio de Farmacología II se imparte en el primer semestre de cada año, en este curso se busca desarrollar en los estudiantes de noveno ciclo la aptitud para la investigación clínica y preclínica, se realizan análisis científicos de artículos orientados a alguno de los temas del curso, se desarrollan casos clínicos y se inicia la farmacología experimental con animales de experimentación. También, se elabora un protocolo de investigación enfocado al montaje y realización de una metodología científica.

La farmacología III uno de los cursos del último semestre de la carrera, contempla la farmacología relacionada con síndrome metabólico, enfermedades crónicas como hipertensión (sistema renina angiotensina), diabetes, colesterol y triglicéridos. También la farmacología de la sangre, hematopoyesis y trastornos de la coagulación, sistema endocrino, antivirales y antirretrovirales, inmunología y complejos vitamínicos.

El laboratorio de Farmacología III se imparte en el primer semestre de cada año, en este curso el estudiante de decimo ciclo continúa haciendo uso de sus conocimientos en investigación y realiza la parte experimental del protocolo que inicio en la farmacología II, elabora un informe final y presentando en una exposición, los resultados de la investigación. Alcanzando así el objetivo de formar profesionales formados en la investigación preclínica.

El curso de Epidemiologia y Salud Publica, es el primer curso del Departamento impartido a los estudiantes de la Escuela de Química Farmacéutica, ubicado en el pensum, en el sexto semestre de la carrera. Este curso comienza con una introducción a la salud pública, la historia del cuidado de la salud en las sociedades y los actores involucrados, la formación de la OMS y su aporte hasta los objetivos de desarrollo sostenible. Antes de desarrollar el tema de epidemiologia, se abordan conceptos básicos sobre Estado, funciones esenciales de la salud pública, derecho, economía de la salud, selección de medicamentos, política y demografía y se introduce al sistema de salud en Guatemala. En epidemiologia se aborda la causalidad, la triada epidemiológica, vigilancia epidemiológica, medidas utilizadas en epidemiologia, tasas, medidas de asociación y de impacto y las características principales de los estudios epidemiológicos y su posible utilización. Finalmente termina el curso con una unidad que enfatiza el trabajo del profesional químico farmacéutico en la salud pública, que entre otros tópicos abarca bioética y farmacoepidemiología.

Dentro de las líneas de investigación que el departamento desarrolla podemos mencionar, farmacología experimental, uso racional de medicamentos, farmacoepidemiologia y legislación farmacéutica relacionada.

En el área de fisiología están ubicados los cursos de Anatomía y Fisiopatología I, II y III.

Los cursos de Anatomía y Fisiopatología, proporciona a los estudiantes los conocimientos necesarios de la estructura anatómica, el funcionamiento normal y anormal del organismo humano, para que se desempeñen como futuros profesionales del área de salud.

El curso de Anatomía I, impartido en el séptimo ciclo de la carrera, contempla los conocimientos sobre anatomía, fisiología y patología de: El sistema nervioso (autónomo, central y periférico), sistema tegumentario, óseo, articular, muscular, así como la célula y la genética celular. Estudiando los procesos fisiopatológicos de las enfermedades de estos aparatos y sistemas e iniciando al estudiante en el abordaje de casos clínicos de las patologías relacionadas.

El laboratorio de Anatomía y Fisiopatología I, se imparte en el primer semestre del séptimo ciclo, en él se le presenta al estudiante lo que es una historia clínica y se le prepara para la realización del análisis correcto de los casos clínicos que  deberá realizar en el transcurso de los tres cursos del área de fisiología. Asimismo, se le prepara en la anatomía y fisiología normal y anormal de los sistemas: nervioso, tegumentario, óseo, articular, muscular. Se aborda el estudio de la célula, sus características y su comportamiento y las vías de administración en el ser humano así como, generalidades y una demostración de la extracción sanguínea.

En el curso de Anatomía y Fisiopatología II,  ubicado en el octavo semestre de la carrera, se desarrolla la anatomía, la fisiología y la fisiopatología de los aparatos cardiovascular y linfático, respiratorio y renal líquidos y equilibrio ácido base, así mismo se aborda lo referente a sangre: hematopoyesis y coagulación, y se  da una introducción a la inmunología. Se estudian los procesos fisiológicos a nivel cardiovascular, respiratorio y renal. Así como: los procesos  fisiopatológicos de las enfermedades de mayor incidencia, morbilidad y mortalidad en Guatemala, de estos sistemas, haciéndose énfasis en las enfermedades crónicas, como la hipertensión arterial (sistema renina angiotensina),  angina de pecho, infarto agudo al miocardio, insuficiencia cardíaca, hiperlipidemias, y su intima relación con el desarrollo de síndrome metabólico. Fiebre reumática, miocarditis chagásica, neumonía, bronconeumonía, tuberculosis, EPOC, insuficiencia respiratoria y pulmonar, fibrosis pulmonar y cáncer pulmonar, glomerulonefritis aguda y crónica, síndrome nefrotico, infección urinaria, litiasis renal, insuficiencia renal aguda y crónica, cáncer renal y trasplante renal. Se aborda la regulación de la temperatura corporal, y sus diferentes manifestaciones y procesos de fiebre. Y se abordan los estilos de vida saludables.

En el laboratorio de la Anatomía y Fisiopatología II, el estudiante tiene la experiencia de estudiar en bloques anatómicos de animales y modelos anatómicos didácticos, la anatomía normal y anormal de los sistemas cardiovascular, linfático, respiratorio y renal. Aprenderá a reconocer los signos característicos (ej. sonidos normales y anormales del latido cardiaco), la toma de la presión arterial, la toma del pulso y la frecuencia cardiaca, los factores que inciden en el valor normal de ellos, la toma de la temperatura y los factores que la afectan, los volúmenes respiratorios y los factores que los afectan, el efecto del ejercicio en la función cardiovascular, respiratoria y en  la excreción renal. También se le inicia en el abordaje correcto de los factores que inciden en el Síndrome Metabólico y su diagnóstico. Se le prepara para que aborde con propiedad el análisis de casos clínicos de las patología de mayor incidencia en Guatemala de cardiovascular, respiratorio, renal y estados febriles, así como sus datos epidemiológicos.  En cada una de las actividades de laboratorio se le motiva a conocer el Sistema de Salud de Guatemala y a conocer el contexto donde ejercerá como profesional del equipo de salud.

En el curso de Anatomía y Fisiopatología III, ubicado en el noveno ciclo de la carrera se realiza el abordaje del estudio de la anatomía, la fisiología y la patología del aparato digestivo, el síndrome metabólico, el sistema endocrino, el aparato reproductor femenino y masculino, el ciclo menstrual y ovárico, los  tipos y la función de los métodos anticonceptivos. Así como, la fisiología del embarazo y sus patologías más frecuentes y la fisiología de la lactancia.  Así como: los procesos  fisiopatológicos de las enfermedades de mayor incidencia, su tasas de morbilidad y mortalidad en Guatemala, de estos sistemas, haciéndose énfasis en las enfermedades crónicas, como: la diabetes, la úlcera péptica, gastritis aguda y crónica. El sobrepeso, las  hiperlipidemias, el síndrome metabólico. El cáncer de estómago, pancreatitis, cáncer de páncreas, insuficiencia hepática, cirrosis, colecistitis, hepatitis, diverticulitis, los diferentes tipos de diarrea, amebiasis, apendicitis aguda, colon irritable, cáncer de colón, la bulimia, la anorexia etc. Los parásitos de mayor incidencia en Guatemala. Enfermedades endocrinas como el síndrome de Cushing, síndrome de Sheehan, enanismo, acromegalia, hipo e hipertiroidismo, cáncer de tiroides, hipoparatiroidismo agudo y crónico, tetania paratiroidea, etc., Síndrome de hipo e hiper función corticosuprarrenal, enfermedad de Adisson.  Patologías de la función sexual del hombre y la mujer: enfermedades de la próstata, testiculares, impotencia, hipofunción ovárica, trastornos uterinos, cáncer uterino y ovárico. Tipos de menopausia. Enfermedades venéreas. Y se abordan los estilos de vida saludables.

En el laboratorio de la Anatomía y Fisiopatología III, el estudiante inicia con el estudio de síndrome metabólico, sus características y factores de riesgo, relacionando lo estudiado en el curso de Anatomía y fisiopatología II, sobre cardiovascular. Aprende a determinar los siguientes parámetros: peso corporal, medida de la circunferencia abdominal, estatura, etc. y a calcular el índice de masa corporal, niveles de glucosa en sangre utilizando el glucómetro. Aprenderá a reconocer los signos característicos del síndrome metabólico, los factores que lo afectan  y sus riesgos. Se les brindarán conferencias relacionadas con el tema para prepararlos y entrenarlos con la finalidad  de que participen activamente en la organización de la Jornada de Salud sobre pro-detección de sobrepeso, diabetes y síndrome metabólico, que las profesoras del curso organizan a fin de que pongan en práctica lo aprendido en los cursos del área de fisiología.  Así mismo, el estudiante tendrá la experiencia de estudiar, en bloques anatómicos de animales y modelos anatómicos didácticos, la anatomía normal y anormal del aparato digestivo, el metabolismo basal utilizando animales de laboratorio (ratas albinas) y cajas metabólicas. Se le iniciará en el abordaje correcto de las enfermedades metabólicas y los factores que inciden en el Síndrome Metabólico y su determinación. Se abordará con propiedad, por parte de los estudiantes con orientación de las docentes, el análisis de casos clínicos de las patología de mayor incidencia en Guatemala dando estadísticas de morbilidad y mortalidad, grupos etarios, etc., del aparato digestivo, del síndrome metabólico, del sobrepeso, la bulimia, la anorexia, los parásitos, el metabolismo basal, las enfermedades metabólicas, la diabetes, mineralocorticoides y glucocorticoides, el síndrome de Cushing, los trastornos endocrinos del aparato reproductor femenino y masculino, las enfermedades de la próstata, las enfermedades venéreas, las enfermedades de los ovarios, del útero, los trastornos menstruales, los trastornos del embarazo, y la lactancia. .  En cada una de las actividades de laboratorio se motivara al estudiante a conocer el Sistema de Salud de Guatemala y conocer el contexto donde ejercerá como profesional del equipo de salud.